La respuesta es «si».
En el cuerpo principal tendremos un unico h1.
Pero si tenemos otros bloques del tipo nav, aside, section entonces la numerotación empeza a h1.
Ejemplo de W3C:
Los 2 bloques de codigos son similares:
<body>
<h1>Let's call it a draw(ing surface)</h1>
<h2>Diving in</h2>
<h2>Simple shapes</h2>
<h2>Canvas coordinates</h2>
<h3>Canvas coordinates diagram</h3>
<h2>Paths</h2>
</body><body>
<h1>Let's call it a draw(ing surface)</h1>
<section>
<h1>Diving in</h1>
</section>
<section>
<h1>Simple shapes</h1>
</section>
<section>
<h1>Canvas coordinates</h1>
<section>
<h1>Canvas coordinates diagram</h1>
</section>
</section>
<section>
<h1>Paths</h1>
</section>
</body>